Ústředními ekosystémy Českého lesa byly bukové, resp. jedlobukové lesy. Na bazičtějších podkladech a úživnějších rulách se zvláště v nižších polohách vyvinuly jedlobučiny. Centrem rozšíření tohoto typu klimaxové vegetace byla zejména střední a jižní část pohoří. Maximální druhové diverzity přitom dosahovaly na území Kateřinské kotliny, kde se kromě běžných průvodních druhů uvedených společenstev uplatňovaly i některé prvky listnatých lesů nižších poloh, jako např. oměj vlčí mor, jarmanka větší, dymnivka dutá, jaterník podléška, kokořík mnohokvětý, třezalka chlupatá , lilie zlatohlavá, pomněnka lesní, ptačinec velekvětý.

Suťové proudy, balvanité rozpady a další odvozené povrchové útvary vázané na svahové polohy jednotlivých vrchů či hřebenová úbočí, osídlily suťové lesy.  Aspekt bylinného patra utvářejí zejména nitrofilní a suť vyhledávající  druhy jako např. řeřišničník Hallerův, měsíčnice vytrvalá, netykavka nedůtklivá, bažanka vytrvalá, hluchavka skvrnitá, pitulník horský, kapradina laločnatá , plicník tmavý  či ptačinec hajní . Pro některé lokality je typický i výraznější jarní aspekt s křivatcem žlutým , pižmovkou mošusovou , česnekem medvědím pravým, sasankou pryskyřníkovitou, árónem plamatým , dymnivkou dutou a dymnivkou bobovitou. Vybrané reprezentativní porosty jsou dnes zahrnuty do regionální sítě maloplošných zvláště chráněných území Českého lesa (PR Broumovská bučina, PR Přimda, PR Dlouhý vrch, PR Nad hutí, PR Starý Hirštejn), jiné požívají alespoň statut ochranného lesa.  

česnek medvědí, foto: František Zvoneček

Široké údolní nivy v okolí vodních toků vyplňovaly olšové luhy, jejichž existence byla vyvážena vysoko položenou hladinou spodní vody a zpravidla i režimem krátkodobých, leč pravidelných jarních záplav. Ty se staly domovem mokřadních olšin, které byly po větší část roku přeplaveny stagnující povrchovou vodou, nad jejíž úroveň vystupovaly chůdovitě uzpůsobené kořenové náběhy olší a propůjčovaly tak těmto lesům nezaměnitelný vzhled. V bylinném patře dominovala chrastice rákosovitá, stabilně byly též přítomny druhy ďáblík bahenní, ostřice ostrá, ostřice trsnatá , ostřice prodloužená, ostřice pobřežní, ostřice nedošáchor, kosatec žlutý, smldník bahenní.